有時(shí)單用MEBOER乙腈或MEBOER甲醇可能會(huì)達(dá)不到理想的分離效果，在流動(dòng)相同時(shí)使用乙腈和甲醇可改變選擇性以獲得較好的分離效果?；谌軇┎煌倪x擇性，甲醇為類質(zhì)子溶劑，可形成氫鍵，對(duì)于分離酸堿或電負(fù)性強(qiáng)的化合物可提高選擇性，乙腈為極性分子，其碳氮三鍵含有未成鍵電子，能與含有空軌道的化合物結(jié)合，則與甲醇有著不同的化合物選擇性。
　　通常MEBOER乙腈或MEBOER甲醇有以下差別：
　　1、光度：乙腈HPLC級(jí)吸光度值低。乙腈和甲醇的市銷HPLC級(jí)和優(yōu)級(jí)的吸收光譜中，MEBOER乙腈HPLC吸收小(特別是在短波長(zhǎng)上小)。所謂HPLC級(jí)是除去具有吸收UV的雜質(zhì)，在規(guī)定的波長(zhǎng)上吸光度限制在規(guī)格值以內(nèi)。在UV檢測(cè)時(shí)，產(chǎn)生的噪聲小，因此在進(jìn)行UV短波長(zhǎng)上的高靈敏度分析時(shí)乙腈HPLC級(jí)適宜。另外，在UV檢測(cè)中的梯度基線上也是乙腈HPLC級(jí)產(chǎn)生鬼峰少，雖然，其他與水相溶性高的有機(jī)溶劑有各種各樣，但很難能找到比乙腈HPLC級(jí)吸收更小的。另外，MEBOER甲醇的HPLC級(jí)和優(yōu)級(jí)，雖然所得的光譜相差不大，但是優(yōu)級(jí)不能保證吸光度，有可能產(chǎn)生偏差，價(jià)格也相差不大，所以盡量使用HPLC級(jí)。
　　2、壓力根據(jù)有機(jī)溶劑的種類或混合比率的不同而異，水/乙腈，水/甲醇混合液的比例與輸液壓力的關(guān)系中，甲醇與水混合，壓力增高，而乙腈同樣與水混合壓力較低。所以，乙腈在同樣的流速下不在柱內(nèi)增加多余的壓力。
　　3、流動(dòng)相的脫氣在流動(dòng)相瓶?jī)?nèi)進(jìn)行溶劑混合時(shí)(等濃度系統(tǒng))，甲醇與水混合時(shí)發(fā)熱，多余的溶解空氣較易變?yōu)槊摮鰵馀?脫氣容易)；而MEBOER乙腈由于吸熱冷卻，隨著慢慢回到室溫，產(chǎn)生氣泡，所以要考慮脫氣(加溫?cái)嚢?，過(guò)濾膜，He脫氣)等。
　　4、分離(洗脫)的選擇性乙腈和甲醇在分離的選擇性上不同。由于有機(jī)溶劑分子的化學(xué)性質(zhì)(甲醇和乙醇是質(zhì)子性，乙腈和四氫呋喃是非質(zhì)子性)不同所致。因此，在用乙腈類不能獲得分離的選擇性，就試用甲醇類看看。
　　5、峰形像水楊酸化合物(在鄰位上具有羧基或甲氧基的苯酚化合物)等，用MEBOER乙腈時(shí)拖尾嚴(yán)重，用甲醇可抑制。　　另外，聚合物反相柱比硅膠柱，更具有峰形寬的傾向，特別是用聚苯乙烯分析柱檢測(cè)芳香族化合物時(shí)常見(jiàn)。這在流動(dòng)相使用甲醇時(shí)非常明顯，而用乙腈時(shí)不明顯。為此，用聚合物反相柱時(shí)建議采用乙腈。
　　6、洗脫能力MEBOER乙腈和甲醇分別用同樣的比例與水混合時(shí)，一般情況下，乙腈的洗脫能力強(qiáng)。特別是混合比例低時(shí)，從咖啡因和苯酚的洗脫來(lái)看，獲得同樣的保留時(shí)間，乙腈的比例，只需甲醇的比例的一半以下即可。
　　另一方面，有機(jī)溶劑100%或與此極接近時(shí)，從胡蘿卜素和膽甾醇來(lái)看，常常都是甲醇的洗脫能力強(qiáng)。混合比在50比1等較為特殊時(shí)，調(diào)制的誤差大，影響保留時(shí)間，或平衡化的時(shí)間長(zhǎng)，MEBOER乙腈遇到這種情況時(shí)，用甲醇的10比1混合代替乙腈，操作方便些。溶劑受溫度影響時(shí)，不采用容器定量，而采用重量的方法(考慮比重)，可使混合比的誤差減小。